Wielki pożar kościoła i kolegium z 1886 r. na krótko zakłócił normalne funkcjonowanie życia w kolegium. Dzięki pomocy ziemiaństwa okolicznego, rodaków starowiejskich i sąsiednich parafii odbudowano kolegium, dla nowicjatu dobudowano nowe skrzydło, a wieże podwyższone o jedną kondygnację otrzymały nowe hełmy wzorowane na kościele św. Anny w Krakowie. W 1888 r. uruchomiono tu niewielką drukarnię, która obok literatury ściśle zakonnej wydała kilka książek o różnorodnej tematyce. W 1893 r. drukarnia została przeniesiona do Chyrowa.

W czasie I wojny światowej kolegium było chwilowo zajęte na szpital wojskowy dla Austriaków, a później Rosjan, a w następnym roku zajmowali budynek Prusacy. W niepodległej Polsce w okresie międzywojennym prowadzono nadal i bez przeszkód wszystkie dotychczasowe formy duszpasterstwa: parafia, rekolekcje, misje, organizacje i bractwa kościelne.

W trudnych latach okupacji hitlerowskiej aktywność jezuitów starowiejskich niewiele zmalała. Działał nowicjat dla obydwu polskich prowincji (1939-44). Pod kierunkiem o. Stefana Weidla prowadzono tajne komplety, kształcące w zakresie szkoły średniej. Nauczanie było prowadzone przez dobrze przygotowaną kadrę z byłego gimnazjum w Chyrowie. Podjęto akcję charytatywną, wysyłając paczki żywnościowe do obozów koncentracyjnych. W domu wypoczynkowym na okres wakacji dla kleryków, w tzw. willi starowiejskiej, oddalonej od kolegium o ok. 2 km, kontynuowano, pomimo różnorakich trudności, studia teologiczne. Tu znajdował się też punkt Rady Głównej Opiekuńczej, roztaczający opiekę nad ludnością wysiedloną z ziem wcielonych do Rzeszy, potem nad uciekinierami ze Wschodu, w końcu (1944) nad wysiedleńca mi ze strefy przyfrontowej. Kolegium kilkakrotnie zajmowały wojska niemieckie i radzieckie.

W Polsce powojennej starano się podtrzymywać wszystkie formy tradycyjnego duszpasterstwa. W 1949 r. jezuici zostali zmuszeni zawiesić działalność Sodalicji Mariańskich i innych stowarzyszeń kościelnych. W latach 50. XX wieku napotykano też trudności z prowadzeniem misji ludowych i rekolekcji.

W okresie prawie 150 lat od chwili przybycia jezuitów do Starej Wsi dzień 6 grudnia 1968 r. okazał się najtragiczniejszym. Łaskami słynący obraz Matki Bożej Miłosierdzia ukoronowany w 1877 r w zagadkowych okolicznościach spłonął. Został zniszczony przedmiot religijnego kultu trwającego kilka wieków, ale i cenne dzieło sztuki oraz pomnik kultury narodowej z lat 1495–1525. Kult jednak nadal się rozwijał, a nawet się ożywił. Nową kopię obrazu wykonała taką samą metodą, jak poprzedni wizerunek w latach 1970-72 r. artystka konserwator Maria Niedzielska z Krakowa. 10 września1972 r. kard. Stefan Wyszyński dokonał, za zgodą Stolicy Apostolskiej, koronacji nowego obrazu koronami pochodzącymi jeszcze z 1877 r., a ocalałymi z pożaru w 1968 r. Nowy wizerunek Maki Bożej nazwany przez potomnych „Ozdobą Pogórza” stanowi nadal cel licznych pielgrzymek z ziemi brzozowskiej, krośnieńskiej i sanockiej.

W 1978 r. kolegium starowiejskie wraz ze wspólnotą parafialną i licznie zgromadzonym czcicielami Matki Bożej witali 10 września znakomitego gościa, który przybył na uroczystości 100-lecia koronacji cudownego obrazu Zaśnięcia Najświętszej Maryi Panny, a 16 października został wybrany papieżem jako Jan Paweł II.

Stara Wieś to nie tylko miejsce pielgrzymkowe, ale i turystyczne. Do wspaniałej bazyliki barokowej oraz bogatego muzeum przyklasztornego, założonego w 1972 r., przybywają liczne wycieczki z okolicznych miejscowości, jak i turyści ze wszystkich stron Polski, którzy tędy przejeżdżają w Bieszczady. W muzeum zgromadzono pamiątki związane z historią kościoła i kolegium starowiejskiego, z historią jezuitów polskich oraz ich działalnością misyjną, głównie w Azji i Afryce. W pobliżu kaplicy odpustowej wznosi się nowy Dom Parafialny, do którego w 1992 r. przeniesiono Muzeum Misyjne oraz zbiory ludowe i regionalne.

Bogactwo duchowe sanktuarium maryjnego w Starej Wsi chyba najlepiej odtworzył jezuita ks. Karol Antoniewicz, autor licznych wierszy i pieśni maryjnych, które do dzisiaj śpiewa cała Polska, a niektóre z nich powstały pod urokiem piękna tej, spoglądając z malowniczego wzgórza „Parnas”: „Chwalcie łąki umajone”, „O Maryjo, przyjm w ofierze”, „Królowej Anielskiej śpiewajmy”, „Biedny, kto Ciebie”, „Idźmy, tulmy się jak dziatki:, „Matko, nie opuszczaj nas”, „Już majowe świecą zorze”, „Kwitną łąki z kwiatami”, „W szopce przy żłóbku siedziała Maryja”, „Lutnio ma wdzięczna”; „I było ciemno”, „Przed Tobą Matko, któż się ukryć zdoła”, „W zimnym popiele”.

Dzieje kolegium starowiejskiego to również losy kilku tysięcy jezuitów, którzy tu poświęcili swoje życie zakonne idei „większej chwały Bożej”, lub którzy właśnie tutaj, jako klerycy zakonni, zdobywali wiedzę i zapał, by potem owocnie pracować dla Kościoła w Polsce lub też poza jej granicami – dla emigracji polskiej lub na misjach wśród pogan. Są to więc po części dzieje Kościoła. Kilku z nich zmarło w opinii świętości i kandyduje do procesu beatyfikacyjnego.