Istnienie chrześcijaństwa w obrębie judaizmu skończyło się wraz z klęską pierwszego powstania żydowskiego (66-70 po Chr.). Podczas tego powstania żydowscy wyznawcy Chrystusa starali się uciekać z Palestyny. Wielu członków gminy jerozolimskiej uciekło do położonej za Jordanem Pelli, a stamtąd wyruszyli do Syrii, Azji Mniejszej i do Europy.
Po zdobyciu Jerozolimy przez Rzymian i po zburzeniu Świątyni Jerozolimskiej przestały w judaizmie funkcjonować dwie bardzo ważne instytucje: kult ofiarniczy i kapłaństwo. Wobec zagrożenia samego bytu żydowskiego narodu jego liderzy za przyzwoleniem Rzymu przeprowadzili reorganizację judaizmu. Ta reorganizacja polegała między innymi na rezygnacji z wielu nurtów religii żydowskiej na rzecz jednego z nich. Judaizm zrezygnował z nurtu saducejskiego oraz ze swojej postaci hellenistycznej. Rabini orzekli również, że Żydom nie wolno posługiwać się Septuagintą, a "dzień, w którym ona powstała, jest tak samo fatalny jak dzień, w którym Izraelici stworzyli złotego cielca na pustyni". W ten sposób również chrześcijanie znaleźli się poza judaizmem, a między Synagogą i Kościołem rozpoczął się konflikt trwający do drugiej połowy XX w. Wyznawcy obu religii w ciągu następnych stuleci dążyli do tego, by się od siebie jak najbardziej oddalić. W judaizmie ok. 90 r. wprowadzono do Modlitwy Osiemnastu Błogosławieństw "błogosławieństwo heretyków" (birkat hamminim), które wtedy, po przegranym powstaniu, w obliczu prześladowań ze strony władz rzymskich, odnoszono m. in. do tych Żydów, którzy mimo swej wiary w Jezusa nie opuścili Synagogi. Dla Kościoła był to okres, w którym liczba chrześcijan wywodzących się z narodów pogańskich zaczęła przewyższać liczbę judeochrześcijan. Wyznawcy Chrystusa poszukiwali własnego sposobu wyrażania swej wiary, poszukiwali języka filozoficznego, przy pomocy którego mogliby opisywać, uzasadniać i obronić swoją wiarę zarówno wobec świata rzymskiego, jak i wobec Żydów. Natomiast wyznawcy judaizmu skoncentrowali się na konsolidacji społeczności żydowskiej wobec kolejnych przegranych powstań, w Izraelu (66-70) oraz na Cyprze i Cyrenajce (115). Kulminację tych niepowodzeń stanowiła klęska Żydów w powstaniu Bar Kochby (132-135). Przywódca tego powstania Szymon Bar Kochba (Syn Gwiazdy) został przez niektóre kręgi, w tym przez rabbiego Akibę, uznany za mesjasza. Po ścięciu go przez Rzymian i upadku powstania Żydzi musieli opuścić Judeę. Jerozolima została przemianowana na Aelia Capitolina i zasiedlona przez rzymskich weteranów wojennych. Rabinom zabroniono nauczania Tory, a przyjście mesjasza i powrót do Ziemi Izraela zostały przez rabinów odsunięte na "koniec czasów".
Obie religie przeżywały okres transformacji. Dokonywała się tzw. rabiniczna przebudowa judaizmu. Rolę autorytatywnych przekazicieli tradycji żydowskiej przejęli rabini. Miejsce ofiar zajęło studium Tory, Pism i Proroków oraz wypełnianie religijnych nakazów regulujących życie codzienne (micwot). Natomiast chrześcijaństwo zaczęło formułować swoją doktrynę. Wobec zagrożenia zewnętrznego - ze strony państwa Rzymskiego i wewnętrznego - ze strony herezji, obie religie zwierały swoje szeregi. W judaizmie od końca II w. do początku VI w. dokonuje się proces zapisu Tradycji, która przybiera kształt Miszny, Tosefty i Talmudów Jerozolimskiego i Babilońskiego. Są to księgi normatywne judaizmu do dziś kształtujące żydowską ortopraksję. W tym samym okresie w Kościele mają miejsce sobory nadające kształt obowiązującej do dziś chrześcijańskiej ortodoksji, są formułowane dogmaty wiary.

Cdn.