Franciszek przybył papamobilem do katedry z rezydencji prezydenta Filipin. Towarzyszył jemu arcybiskup Manili, kard. Luis Antonio Tagle. Po drodze Ojca Świętego po raz kolejny pozdrawiały entuzjastycznie tłumy wiernych. Natomiast w katedrze powitał go nie tylko rektor świątyni, ale także drużyna „małej Gwardii Szwajcarskiej” - dzieci ubranych w mundury „wojska papieskiego”.

Liturgia sprawowana była po łacinie, angielsku oraz używanym na Filipinach języku tagalog. W pobliżu ołtarza znaleźli się zakonnice a także duchowni starsi i chorzy. Na początku homilii nie obyło się bez chwili humoru: na pochodzące z Ewangelii św. Jana słowa skierowane do Piotra „Czy mnie miłujesz?”, gdzie w angielskim nie ma odróżnienia między you w liczbie pojedynczej i mnogiej, zgromadzeni odpowiedzieli twierdząco, potwierdzając swą miłość do papieża. Nastąpiła chwila śmiechu, a Ojciec Święty zapewnił, że chciał jedynie powtórzyć słowa Pana Jezusa. W homilii Franciszek zaznaczył, że cała posługa duszpasterska rodzi się z miłości, pragnienia, aby być miłością w sercu Kościoła. Oznacza to kształtowanie społeczeństwa inspirowanego ewangelicznym orędziem miłosierdzia, przebaczenia i solidarności w służbie dla dobra wspólnego. Ewangelia może bowiem zainspirować budowę naprawdę sprawiedliwego i odkupionego porządku społecznego, tworzenia pomostów.

Papież wskazał, że duchowni są wezwani, aby być „posłannikami Chrystusa”, a to oznacza przede wszystkim zaproszenie każdego do ponownego osobistego spotkania z Panem Jezusem oraz nawrócenia, do dokonania rachunku sumień, jako jednostek a także i jako narodu. Przypominając nauczanie tamtejszego episkopatu Ojciec Święty stwierdził, że „Kościół w tym kraju jest wezwany do rozpoznania i zwalczania przyczyn głęboko zakorzenionych nierówności i niesprawiedliwości, które szpecą oblicze filipińskiego społeczeństwa, będąc wyraźnie sprzecznymi z nauczaniem Chrystusa. Ewangelia wzywa poszczególnych chrześcijan do życia uczciwego, prawego i do troski o dobro wspólne”. Zachęcił też, by wspólnoty chrześcijańskie tworzyły „kręgi prawości”, sieci solidarności, które mogą doprowadzić do objęcia i przekształcenia społeczeństwa swym proroczym świadectwem.

Franciszek podkreślił, że duchowni jako pierwsi powinni dokonać rachunku sumienia i podejmować drogę nawrócenia, odrzucić perspektywy światowe, małostkowe kompromisy ze sposobami działania tego świata. Dla kapłanów i osób konsekrowanych nawrócenie na nowość Ewangelii pociąga za sobą codzienne spotkanie z Panem na modlitwie, życie odzwierciedlające ubóstwo Chrystusa, pełnienie woli Ojca i służenie innym. Papież przestrzegł przed popadaniem w materializm. „Jedynie stając sami ubogimi, pozbywając się naszego samozadowolenia, będziemy w stanie utożsamiać się z naszymi najmniejszymi braćmi i siostrami. Będziemy widzieli rzeczy w nowym świetle, a tym samym będziemy odpowiadali uczciwie i rzetelnie na wyzwanie głoszenia radykalizmu Ewangelii w społeczeństwie przywykłym do wykluczenia społecznego, polaryzacji i skandalicznej nierówności” - powiedział.

Młodych kapłanów, zakonników i seminarzystów papież zachęcił, by dzieli entuzjazm swej miłości do Chrystusa i Kościoła szczególnie z rówieśnikami, zarówno życzliwymi wobec Kościoła jak i zagubionymi. „Głoście piękno i prawdę orędzia chrześcijańskiego w społeczeństwie kuszonym bałamutnymi wizjami seksualności, małżeństwa i rodziny” - zaapelował. Ojciec Święty zapewnił filipińskich duchownych, iż prosi Maryję, aby wyjednała im obfitość gorliwości, aby poświęcili się bez reszty w bezinteresownej służbie dla swoich braci i sióstr.

W modlitwie wiernych proszono za Ojca Świętego, by wytrwale prowadził powierzoną mu owczarnię ku miłości i wzajemnej służbie, za biskupów by pełnia kapłaństwa pobudzała ich ku świętości i naśladowania Jezusa, Dobrego Pasterza. Modlono się za kapłanów, by za wstawiennictwem św. Jana Marii Vianneya wzrastali w żarliwej miłości i trosce duszpasterskiej, za zakonników i zakonnice, by żyjąc radami ewangelicznymi przyczyniali się do budowania Królestwa Bożego na ziemi. Pamiętano także o duchownych przeżywających różnego rodzaju kryzysy, aby mogli znaleźć współczucie Boga za pośrednictwem tych, którzy im towarzyszą pośród wyzwań ich pielgrzymowania, wreszcie o zmarłych księżach i zakonnikach, aby mogli się cieszyć nagrodą w niebie.

Wymowny był papieski gest, kiedy by przekazać znak pokoju podszedł do schorowanych zakonnic na wózkach inwalidzkich, a także podeszłych wiekiem kapłanów.

Przed błogosławieństwem końcowym głos zabrał arcybiskup Manili, kard. Luis Antonio Tagle. Witając Ojca Świętego zaznaczył, że tamtejsza katedra jest pierwszą na Filipinach i może być uznana za symbol narodowy. Była ona wielokrotnie niszczona przez pożary, trzęsienia ziemi, czy wojny. I pomimo, że wiele razy budynek tej świątyni był doszczętnie niszczony, to jednak nie zanika i dumnie wznoszony jest na nowo – tak jak naród filipiński, a w jego zmaganiach uczestniczyli zawsze biskupi, kapłani, zakonnicy i zakonnice. Dwa skarby, muzyka i wiara pozwalały mu przetrwać. Muzyka pozwalający wznieść się ponad tragedie życia oraz wiara podnosząca po każdej katastrofie. Zaznaczył, że wizyta Franciszka odbywa się w dniach, kiedy Filipińczycy zaczynają powstawać po kolejnym nieszczęściu. „Przynosisz ogień nie aby niszczył, lecz oczyszczał, przynosisz trzęsienie ziemi nie po to, by roztrzaskać, lecz przebudzić, przynosisz broń nie by zabijać, lecz upewniać, zachęcić, bo jesteś Piotrem, na którym Jezus zbudował swój Kościół”- stwierdził kard. Tagle. W imieniu zgromadzonych wyraził przekonanie, że papieska wizyta będzie służyła odnowieniu i odbudowaniu przez Pana Jezusa swego Kościoła na Filipinach. Po udzieleniu błogosławieństwa Ojciec Święty udał się do zakrystii, a stamtąd do nuncjatury apostolskiej.