Józef Sebastian Pelczar urodził się 17 stycznia 1842 r. na Podkarpaciu, w Korczynie k. Krosna. Rodzice Wojciech i Maria, dzięki wielkiej pracowitości byli jak na ówczesne warunki wiejskie w Galicji zamożnymi rolnikami, a także światłymi i pobożnymi.
Jak wspomina bratanek bp. Pelczara: "Matka bp. Pelczara była bardzo pobożna. Każde urodzone dziecko ofiarowała Matce Bożej w Leżajsku, gdzie często pielgrzymowała". Również trzecie swoje dziecko Józefa Sebastiana, zanim się urodziło ofiarowała "przed cudownym obrazem Najświętszej Panny w Leżajsku Jej miłościwej opiece". Sam bł. Biskup pisał w Autobiografii: "Z ust matki to wiem, że ofiarowała mnie pierwej niż na świat przyszedłem opiece Najświętszej Panny przed Jej obrazem w Leżajsku, dokąd we wrześniu 1841 r. odprawiła pielgrzymkę". Świątynia leżajska z cudownym obrazem Matki Bożej stała się od tej chwili szczególnie drogim sercu Józefa miejscem, które w następnych latach odwiedzał przy każdej niemal okazji. Ofiara matki została przyjęta przez Bogurodzicę. Do tego sanktuarium pielgrzymował od dziecka, ukazując czasem swoją dziecięcą rezolutność. Pewnego razu kręcił się podczas Sumy odpustowej odprawianej na cmentarzu kościelnym i przeszkadzał matce w modlitwie. Pelczarowa posadziła go na trawie, dała mu kawałek bułki mówiąc półgłosem: "A jedz z Panem Bogiem, bo już nie mogę z tobą wytrzymać". Malec wyszczebiotał: "Nie z Panem Bogiem, Józio zje sam".
W Autobiografii bp Pelczar wspomina o dziwnym śnie, który zobrazował następująco: "Oto śniło mi się, że z obrazu zstępuje Najświętsza Panna jako żywa, patrzy na mnie słodko i wyciąga do mnie ręce, by mnie do siebie pociągnąć. Odtąd miałem wielkie nabożeństwo do Najświętszej Panny".
W jedenastym roku życia, gdy ukończył tzw. szkołę główną w Rzeszowie i miał rozpocząć naukę w gimnazjum odbył z rodzicami pierwszą pieszą pielgrzymkę do Leżajska. Był to wrzesień 1852 r., stulecie koronacji obrazu Matki Bożej w tym sanktuarium. Ten pobyt tak opisuje: "We wrześniu 1852 r. byłem z rodzicami w Leżajsku, na uroczystym obchodzie setnej rocznicy koronacji cudownego obrazu Najświętszej Panny Maryi; ale takie tam były ciżby, że mnie w kościele mało nie uduszono. Podczas ostatniej procesji, którą prowadził biskup przemyski Franciszek Ksawery Wierzchlejewski, wlazłem na płot z innymi; tymczasem płot się załamał i wszyscy pospadaliśmy na piasek".
Lata gimnazjalne były pod opieką Matki Bożej w kościele Ojców Bernardynów w Rzeszowie. Przed "statuą łaskami słynącą" codziennie modlił się do Najświętszej Panny w wieczornym pacierzu. Ks. Jałowy pisze, że u studentów rzeszowskich był wówczas piękny zwyczaj, że codziennie wieczorem przychodzili pod kościół Bernardynów i tu, na zewnątrz kościoła, przed obrazem Maryi malowanym na murze prezbiterium odmawiali swój wieczorny pacierz. Do tych najpilniejszych w tym względzie należał student Pelczar.
Podczas studiów seminaryjnych w 1861 r. Józef Pelczar odbył kilka większych pielgrzymek do cudownych miejsc. Tak np. w dniu 13 sierpnia podążył pieszo do Kalwarii Pacławskiej. Niedługo potem, 8 września udał się do Leżajska, gdzie podczas uroczystej Sumy spełniał funkcje subdiakona, a rok później, 8 września, diakona.
Spośród tych stolic Maryi najmilszą i najbardziej osobistą była mu stolica leżajska. Od pierwszej pielgrzymki w 1852 r., przez cale życie udawał się raz po raz do "Matuchny w Leżajsku", aby się z Nią "naradzić, jak dalej życie urządzać". Jej powierzał swe przedsięwzięcia, Jej dziękował, np. wtedy, kiedy starał się o stanowisko profesora na Uniwersytecie Jagiellońskim: "Jeździłem tam, tzn. do Krakowa, dwa razy, a wśród tego czasu do cudownego obrazu Najświętszej Panny w Leżajsku. Dzięki Jej opiece i poparciu życzliwych ludzi otrzymałem 19 marca 1877 r. nominację na profesora zwyczajnego historii kościelnej i prawa kanonicznego". We wrześniu 1868 r. udaje się do Leżajska, by Matce Bożej podziękować za opiekę, jaką otaczała go w ciągu kilku lat przebytych poza granicami kraju. Natomiast w czerwcu 1873 r. odprawia Mszę św. przed cudownym obrazem Matki Bożej w Leżajsku. We wrześniu 1876 r. tuż przed przeniesieniem się do Krakowa, udaje się znów z pielgrzymką do Leżajska, by uprosić sobie opiekę Najświętszej Panny na dalszą drogę życia. Mimo prawnej przynależności do Krakowa ks. Pelczar nie zerwał łączności z diecezją macierzystą. Często wyjeżdżał do Przemyśla. Często odwiedzał drogie jego duszy sanktuaria maryjne, wśród których najbliższym jego sercu był Leżajsk.
19 czerwca 1882 r. grono profesorów zwyczajnych Uniwersytetu Jagiellońskiego, oceniając zasługi ks. profesora Pelczara tak dla wydziału teologicznego, jak również dla całej uczelni, obrało go rektorem. Poczucie odpowiedzialności za to zaszczytne stanowisko oraz świadomość własnej niewystarczalności w pełnieniu tak trudnych obowiązków znowu skierowały kroki ks. Pelczara do Leżajska, bo tam u stóp "Najukochańszej Mateńki" spodziewał się uzyskać potrzebne światło i siłę. Ufność w orędownictwo Niebieskiej Matki nie zawiodła go nigdy. Co roku, czasami nawet częściej, udawał się do "Ukochanej Mateńki" w Leżajsku. Wszystkie ważniejsze sprawy i najrozmaitsze trudności życia rozwiązywał na klęczkach u Jej stóp.
Bp Pelczar, o ile tylko mógł chętnie śpieszył na wszystkie obrzędy koronacyjne i jubileuszowe związane z kultem Bogurodzicy zarówno w kraju jak i zagranicą. Za jego rządów osiem cudownych wizerunków Bogurodzicy, znajdujących się w różnych świątyniach na terenie diecezji, otrzymało koronę papieską, pięć z nich koronował osobiście. Każdy pobyt w sanktuarium maryjnym notuje w dzienniczku jako bardzo ważne wydarzenie. Można śmiało powiedzieć, że bł. biskup Józef Sebastian Pelczar był "najwybitniejszym biskupem w dziejach naszej diecezji".