Urodził się w rodzinie kupca w Segowii (Hiszpania). Do pierwszej spowiedzi i Komunii św. przygotował go bł. Piotr Faber, jeden z pierwszych towarzyszy św. Ignacego Loyoli. W wieku 14 lat został przyjęty do kolegium jezuitów w Alcali, ale z powodu śmierci ojca powrócił do domu, aby zająć się administracją przedsiębiorstwa tekstylnego, które ten prowadził.

W 1560 r. Alfons poślubił Marię Suarez. Po 7 latach szczęśliwego życia jego żona zmarła. Zmarło także ich dwoje dzieci. Alfons w swoim sercu nosił ciągłe pragnienie pójścia za Chrystusem. W 1571 r. wstąpił do jezuitów w charakterze brata zakonnego. Nowicjat odbył na Majorce, w Palmas, i tam pozostał na kolejnych 36 lat. Pełnił funkcję furtiana. Ta funkcja pozwoliła mu na rozwój duchowy. Przy furcie spędzał czas na modlitwie. Oddawał się kontemplacji, modlitwie różańcowej i podejmował dzieła pokutne. Dla każdego przychodzącego na furtę znajdował dobre słowo. Odgrywał w ten sposób rolę kierownika duchowego. Klerycy z kolegium jezuickiego czerpali z jego duchowości. W tym samym czasie Alfons zawarł przyjaźń ze św. Piotrem Klawerem, późniejszym misjonarzem i apostołem Murzynów amerykańskich. Alfons zmarł, wypowiadając słowa: „Mój Jezusie”. Został beatyfikowany w 1825 r. przez Leona XII; kanonizował go – razem ze św. Janem Berchmansem – w 1888 r. papież Leon XIII.