Z lotniska trumnę przewieziono do praskiej dzielnicy Dejvice, gdzie znajduje się seminarium duchowne archidiecezji praskiej i tam, w kościele św. Wojciecha modlono się za tego niezłomnego kapłana i dziękowano Bogu za jego powrót. Następnie ciało prymasa przewieziono do opactwa norbertanów na Strachowie. W sobotę 21 bm. o godz. 10 z klasztoru wyruszył kondukt do katedry św. Wita, gdzie o godz. 11 rozpoczęła się Msza św. pod przewodnictwem obecnego prymasa kard. Dominika Duki.

Ciało kardynała J. Berana pozostanie w katedrze do poniedziałku wieczora, dzięki czemu wierni będą mogli oddać ostatni hołd swemu prymasowi, który w 1965 musiał opuścić ojczyznę i udać się na emigrację. Po ponownym pogrzebie w poniedziałek jego ciało spocznie w nowym sarkofagu katedry.

W styczniu br. ambasador Republiki Czeskiej Pavel Vošalík poinformował telefonicznie kard. Dukę, że papież Franciszek zezwolił na otwarcie grobu kard. Berana, znajdującego się w podziemiach bazyliki św. Piotra w Watykanie i na przewiezienie trumny z jego ciałem do Pragi. Grobowiec otwarto 19 kwietnia, po czym trumnę przewieziono do czeskiego kolegium Nepomucenum w Rzymie. Tam właśnie mieszkał kardynał na wygnaniu w Rzymie i tam zmarł 17 maja 1969 w wieku 81 lat. Do tegoż kolegium przybył prawie 49 lat temu bł. Paweł VI, by odwiedzić umierającego purpurata, który jednak zmarł kilka minut wcześniej. Zdjęcia papieża, całującego czoło zmarłego prymasa Czech, obiegły cały świat i wkrótce przedostały się też do ówczesnej Czechosłowacji i w domach wielu katolików czeskich do dzisiaj pozostają świadectwem tamtych czasów.

Kard. Josef Beran (1888-1969) był więźniem hitlerowskiego obozu w Dachau w latach 1940-45, a po wyzwoleniu i po powrocie do Czechosłowacji Pius XII mianował go 4 listopada 1946 arcybiskupem Pragi, z czym łączyła się godność prymasa Czech. Ale gdy w lutym 1948 komuniści objęli władzę w kraju, zaczęły się prześladowania tamtejszego Kościoła, a jedną z pierwszych ofiar był właśnie nowy arcybiskup. Początkowo władze próbowały przeciągnąć go na swoją stronę zarówno pochlebstwami, jak i groźbami, a gdy to się nie powiodło, 10 marca 1951 uwięziono go i deportowano do odległej, zagubionej w górach miejscowości, aby nie miał żadnego kontaktu z wiernymi. Przez wiele lat nikt na świecie nie wiedział, gdzie naprawdę przebywał arcybiskup. Częściową wolność odzyskał on w październiku 1963, nie mógł jednak sprawować swych funkcji kapłańskich ani biskupich.

Panuje przekonanie, że gdy św. Jan XXIII na konsystorzu 28 marca 1960 zapowiedział, że trzy nazwiska kardynałów zachowuje "in pectore" (w sercu), jednym z nich był właśnie abp Beran. Ale papież zmarł 3 czerwca 1963, nie ujawniwszy wcześniej swych nominacji, toteż nie wiadomo, czy jest to prawda.

Dopiero po kilkunastu latach arcybiskupa odwiedził, za zgodą rządu w Pradze, arcybiskup Wiednia kard. Franz König, który był w owym czasie nieoficjalnym wysłannikiem Pawła VI do ówczesnych reżymów komunistycznych w Europie Środkowej i Wschodniej. Dzięki jego staraniom władze "cofnęły ograniczenie wolności osobistej" - jak głosił komunikat oficjalny - czyli zwolniły prymasa z miejsca odosobnienia, stawiając jednak warunek, że musi on opuścić kraj bez możliwości powrotu. Warto dodać, że kard. König spotkał się z Beranem w jednym z hoteli praskich, ale w obawie przed posłuchem porozumiewali się oni na piśmie, pisząc do siebie krótko na kartkach.

W efekcie w lutym 1965 abp Beran przybył do Rzymu i zdążył tam jeszcze wziąć udział w ostatniej sesji Soboru Watykańskiego II. 20 września tegoż roku wygłosił w bazylice św. Piotra przemówienie do ojców soborowych, w którym bronił prawa do wolności religijnej i sprzeciwiał się jakimkolwiek ustępstwom na rzecz komunizmu. Wcześniej jednak, na konsystorzu 25 lutego 1965 Paweł VI włączył mężnego hierarchę w skład Kolegium Kardynalskiego. Był gotów zrzec się swego tytułu prymasa Czech, ale papież nie zgodził się na to

Kardynał zmarł 17 maja 1969 na raka płuc, po czym pochowano go w bazylice watykańskiej niedaleko grobu św. Jana XXIII, gdyż rząd Czechosłowacji nie zgodził się na sprowadzenie jego zwłok do kraju. Do czasu obecnego sprowadzenia jego doczesnych szczątków do ojczyzny był jedynym Czechem, spoczywającym w bazylice św. Piotra.

2 kwietnia 1998 ówczesny prymas Czech kard. Miloslav Vlk w obecności nuncjusza apostolskiego w tym kraju abp. Giovanniego Coppy rozpoczął w Pradze oficjalnie proces beatyfikacyjny swego poprzednika.