Były to specjalne jednostki Zakonu, których zadaniem było udzielanie wsparcia duchowego i finansowego dla utrzymania miejsc świętych.

Ojciec Święty wyraził „wsparcie i błogosławieństwo” dla tej cennej posługi i złożył życzenia, aby „stawała się ona coraz bardziej zalążkiem braterstwa”. Po tych wszystkich wiekach - pisze Papież - misja komisarzy jest wciąż aktualna: wspierać, promować i umacniać misję Kustodii Ziemi Świętej, umożliwiając sieć relacji kościelnych, duchowych i charytatywnych, których punktem centralnym jest ziemia, na której żył Jezus”. List Ojca Świętego został zaadresowany do kustosza Ziemi Świętej, o. Francesco Pattona.

Przesłanie papieża zostanie odczytane 15 lutego rano podczas Mszy dziękczynnej „za 600 lat służby i dla uczczenia pamięci wszystkich dobroczyńców” odprawionej w sanktuarium Grobu Bożego w Jerozolimie. O. Francesco Patton, w liście dziękczynnym skierowanym do Papieża, stwierdził: „Będziemy się modlić w sposób szczególny za Ciebie i za Twoją posługę Ojcze Święty, aby Pan uczynił Twoją misję owocną dla jedności i braterstwa między narodami, między wyznawcami różnych religii, między chrześcijanami różnych wyznań, między ludźmi".

Pierwszym znanym Komisarzem Ziemi Świętej w Polsce był o. Mikołaj Łysakowski (+1609 r.) z Prowincji Zakonu Braci Mniejszych Bernardynów, którego powołano na ten urząd dnia 6 stycznia 1604 roku. Jego następcą został o. Prowincjał Hieronim Przybiński (+1613 r.). W latach 1619, 1636 i 1756 pojawiały się postulaty władz centralnych Zakonu Braci Mniejszych dotyczące utworzenia Komisariatu w Polsce, a w latach 1651 i 1758-1761 podjęto konkretne decyzje w tym względzie, które wszakże nie weszły w życie.

Gdy idzie o wsparcie finansowe, to wiadomo, że już w 1705 roku przesłano z Polski do Kustodii Ziemi Świętej 400 złotych węgierskich, a w roku 1708 - 343 złote weneckie (cekiny).

Pod koniec XVIII wieku, na skutek polityki państw zaborczych, wszystkie Komisariaty działające na ziemiach polskich przestały istnieć. Dopiero gdy w 1843 roku wznowił działalność Komisariat Ziemi Świętej w Wiedniu, Polacy zamieszkujący Galicję, odzyskali możliwość finansowego wspierania Ziemi Świętej, trwało to do 14 lutego 1902 roku. Wtedy bowiem z wiedeńskiego Komisariatu dla większej skuteczności jego działań utworzono cztery niezależne komisariaty narodowe, m.in. w Galicji z siedzibą we Lwowie, dla ludności polskiej. Tu w latach 1902-1911 rezydował Komisarz o. Joachim Maciejczyk (+1923 r.). Jednak centrala Dzieła Pomocy Ziemi Świętej, jaką było Stowarzyszenie, zwane Armią Krzyża Świętego, kierowane przez o. Zygmunta Janickiego, Wicekomisarza (1902-1911 r.) mieściła się od 7 września 1902 roku w klasztorze św. Kazimierza w Krakowie przy ul. Reformackiej 4. Gdy w 1911 roku o. Zygmunt Janicki sam został Komisarzem (do 1923 r.), przeniósł do Krakowa siedzibę Komisariatu.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 roku Komisariat galicyjski rozszerzył swoją działalność na terytorium odrodzonego państwa i dlatego przyjął nazwę polskiego i generalnego. Siedzibą pozostał klasztor św. Kazimierza w Krakowie. Na Komisarzy w dalszym ciągu powoływano zakonników Prowincji Matki Bożej Anielskiej.

Od 1906-1939 roku Komisariat wydawał pismo "Głos Ziemi Świętej". W latach 1907, 1909 i 1914 zorganizował pielgrzymki ogólnonarodowe do Ziemi Świętej liczące po 500 osób oraz dwie mniejsze w latach 1934 i 1935. Stowarzyszenie Armii Krzyża Świętego liczyło w 1924 roku 69.924 członków. Do 1935 roku Komisariat regularnie co roku wysyłał ofiary z Wielkiego Piątku przekazywane przez większość biskupów polskich. Wobec państwowego zakazu wywozu pieniędzy za granicę ofiary z lat 1936-1937 doręczono drogą pośrednią, a z okresu 1938-1939 przeznaczono na budowę nowej siedziby Komisariatu w Krakowie na Azorach, ale jej wykończeniu przeszkodził wybuch II wojny światowej.

Chociaż w 1945 roku Komisariat Ziemi Świętej w Krakowie nie wznowił oficjalnie swej działalności, to jednak podtrzymywał swoje istnienie jako instytucji poprzez nominacje kolejnych Komisarzy.

W 1992 roku Komisariat oficjalnie zarejestrował się jako Fundacja, przez co uzyskał osobowość prawną. Powołał do istnienia polski oddział Międzynarodowego Stowarzyszenia Przyjaciół Ziemi Świętej. W 1995 zainicjował wydawanie kwartalnika "Ziemia Święta" jako kontynuacji "Głosu Ziemi Świętej".

Od 1991 roku organizował coraz liczniejsze pielgrzymki do Ziemi Świętej, nawiązując w ten sposób do tradycji wielkich pielgrzymek o charakterze narodowym z początku XX wieku.