23 października 1978 r., kilka dni po objęciu tronu papieskiego przez Kardynała z Krakowa - Jana Pawła II, odbyła się pierwsza audiencja generalna dla Polaków. Prymas Tysiąclecia, kard. Stefan Wyszyński, wypowiedział wówczas w imieniu Narodu i Kościoła słowa, które stały się mottem dla codziennej pracy sanktuarium na Krzeptówkach: „Jedno przyrzekamy, Ojcze Święty, że Cię nie opuścimy - jako synowie Kościoła powszechnego i jako synowie wspólnej naszej Ojczyzny. Nie opuścimy Cię i na kolanach modlić się zawsze gorąco będziemy w Twojej intencji...”.
W odpowiedzi na słowa Prymasa Ojciec Święty powiedział do Polaków: „Drodzy Rodacy! Bądźcie ze mną! Nie pozostawiajcie mnie samego. Módlcie się za mnie: na Jasnej Górze i wszędzie. Pomóżcie mi. Niech ten Papież, który jest krwią z Waszej krwi i sercem z Waszych serc, dobrze służy Kościołowi i światu”.
W fatimskim sanktuarium na Krzeptówkach przypomina o tym marmurowa tablica, umieszczona na frontonie świątyni. Zostały na niej wyryte słowa Ojca Świętego: „Bądźcie ze mną! Nie pozostawiajcie mnie samego. Módlcie się za mnie!”. Wprowadzają one przybywających pielgrzymów w klimat duchowy sanktuarium; są rodzajem duchowego testamentu, który wytycza kierunek pracy duszpasterskiej tego miejsca - miejsca codziennej, nieustającej modlitwy za Papieża Jana Pawła II.
Od 13 maja 1981 r. - dnia zamachu na Ojca Świętego i cudu uratowania jego życia przez interwencję Pani Fatimskiej - do codziennej modlitwy za Ojca Świętego doszło zobowiązanie: „Jeżeli Bóg uratuje życie Ojca Świętego, to w dowód wdzięczności zbudujemy na Krzeptówkach kościół Matki Bożej Fatimskiej, który będzie wotum dziękczynnym za to ocalenie”. Najpierw przez 100 dni trwał modlitewny „szturm do nieba” o łaskę zdrowia dla Ojca Świętego, a potem już codziennie rosła solidarność z Ojcem Świętym, która doprowadziła do wielkiej uroczystości: osobistej konsekracji przez Jana Pawła II fatimskiej świątyni na Krzeptówkach - 7 czerwca 1997 r.
Ks. Mirosław Drozdek SAC, kustosz sanktuarium, uważa, że fatimska świątynia na Krzeptówkach powstała najpierw w sercach wiernych, w nich dojrzewała nabierała konkretnych kształtów. „Ten kościół powstał z modlitwy za Papieża, z troski o Papieża oraz z ofiar składanych w intencji Papieża” - mówi ks. Drozdek.
Krzeptówki są wierne Ojcu Świętemu w codziennych modlitwach: różańcowej, Aniele Pańskim, Apelu Maryjnym, pielgrzymkach w intencji Ojca Świętego do Częstochowy, Rzymu, Fatimy, Lewoczy, w pielgrzymkach szlakiem papieskim do Doliny Chochołowskiej, w setkach nocnych czuwań, procesjach ulicami Zakopanego (13 maja i 16 października) oraz w wielu różnorodnych formach modlitewnych spotkań.
29 czerwca - święto Apostołów Piotra i Pawła jest dniem szczególnej pamięci za Piotra Naszych Czasów, za Stolicę Apostolską.