Niepewność polityczna Berlina po 1945 r. spowodowała, że polskie duszpasterstwo nie miało w tym mieście zorganizowanej formy kościelnej. W Berlinie Wschodnim polscy kapłani zaczęli posługiwać dopiero od 1953 r. w kościele Najświętszej Maryi Panny Niepokalanej w dzielnicy Karlshorst, w kościele św. Michała w dzielnicy Mitte, czyli w centrum Berlina, oraz w innych kościołach w NRD. Po zjednoczeniu Niemiec opiekę duszpasterską na wschodzie przejęła Polska Misja Katolicka w Berlinie Zachodnim.
Abp Szczepan Wesoły, delegat Prymasa Polski ds. Duszpasterstwa Emigrantów, wspominał w 1992 r., że właściwie dopiero w latach 70. Berlin Zachodni stał się miejscem, do którego zaczęli przyjeżdżać i osiedlać się na nowo uchodźcy z Polski. Dla wzrastającej liczby Polaków posługę duszpasterską podjęli księża salezjanie.
W latach 80. XX wieku do Berlina Zachodniego przybywało coraz więcej Polaków i tzw. przesiedleńców, którzy gromadzili się na polskich nabożeństwach odprawianych w gościnnie użyczonych kościołach niemieckich. Żaden z tych kościołów nie był jednak w stanie pomieścić wszystkich wiernych, którzy stali na zewnątrz, często na deszczu i mrozie. W tej sytuacji grupa katolików świeckich zwróciła się do ordynariusza Berlina, przychylnego Polakom kard. Joachima Meisnera, z prośbą o przyznanie kościoła tak licznej społeczności polskiej. Ogłoszenie stanu wojennego w Polsce, wieści ze zniewolonego kraju, oglądane w telewizji czołgi i wojsko na ulicach, aresztowania, brutalne sceny pałowania ludzi przez milicję, a szczególnie zamordowanie górników na Śląsku --to wszystko wzbudzało strach i grozę, ale także sympatię dla Polski i spontaniczny odruch niesienia Polakom pomocy.
25 grudnia 1981 r. kard. Meisner specjalnym dekretem utworzył, z dniem 1 stycznia 1982 r., dla „wiernych modlących się po polsku” Polski Ośrodek Katolicki w Berlinie, w którym od początku aż do dzisiaj posługują księża salezjanie.
W 1986 r., przez przeniesienie niemieckiej parafii do innej wspólnoty, kard. Meisner oddał do wyłącznej dyspozycji Polskiej Misji Katolickiej jeden z największych kościołów berlińskich pw. św. Jana Kapistrana w dzielnicy Tempelhof. Nazywana potocznie „polskim kościołem”, świątynia gromadziła przez 18 lat polskojęzycznych wiernych biorących udział w bogatym życiu religijnym, kulturalnym i społecznym.
Obok posługi religijnej archidiecezja berlińska prowadzi także działalność gospodarczą, oświatową, charytatywną. W tym sektorze powstały w ostatnich latach milionowe straty, które na skutek zaniedbań zbyt późno zauważono. Następstwem radykalnych przedsięwzięć oszczędnościowych i restrukturyzacyjnych jest m.in. sprzedaż gruntów kościelnych, a nawet kościołów. „Polski kościół”, wraz z przynależną atrakcyjną, hektarową parcelą, został również sprzedany, a następnie zburzony, by stworzyć miejsce pod budowę innego obiektu. Było to wydarzenie bardzo bolesne, a zarazem wywołujące oburzenie nie tylko z powodu konieczności opuszczenia „swego” kościoła, ale także z powodu bezpośredniego przeżycia czegoś, co nie mieściło się do tej pory w mentalności polskiego katolika, mianowicie doświadczenia momentu zburzenia domu Bożego.
Arcybiskup Berlina - kard. Georg Sterzinsky nie pozostawił jednak polskiej wspólnoty bez kościoła. Dekretem z 24 maja 2004 r. przyznał Polskiej Misji Katolickiej jedną z największych i najpiękniejszych świątyń Berlina - bazylikę św. Jana Chrzciciela, która ma ponad tysiąc miejsc siedzących. Kościół, zbudowany z kamienia pod koniec XIX wieku, nawiązuje do stylu neoromańskiego. Zaprojektowany na planie krzyża łacińskiego, charakteryzuje się wyniosłą kopułą i wysoką, 77-metrową wieżą. Wnętrze bazyliki zachwyca piękną mozaiką nad ołtarzem oraz kunsztownie wykonanym prezbiterium. W 1906 r. papież Pius X podniósł świątynię do godności bazyliki mniejszej. Dopiero później, w 1923 r., otrzymała to wyróżnienie katedra św. Jadwigi.
Bazylika św. Jana Chrzciciela jest drugą spośród najstarszych bazylik na terenie Niemiec. Obie wojny światowe nie wyrządziły jej na szczęście większych szkód. W 1945 r., kiedy Berlin leżał w ruinach, w bazylice jedynie zniszczone były okna i dzwony, a część fasady została ostrzelana.
W pierwszą niedzielę listopada 2004 r. rozpoczął się nowy rozdział w życiu polskiej parafii. Uroczystą Mszę św. odprawił nuncjusz apostolski w Niemczech abp Erwin Ender w koncelebrze z kard. Henrykiem Gulbinowiczem, bp. Ryszardem Karpińskim oraz kilkudziesięcioma kapłanami polskimi i niemieckimi. Obecni byli przedstawiciele władz państwowych polskich i niemieckich. To wielkie wydarzenie transmitowane było przez Telewizję Trwam i Radio Maryja. Z berlińskiej bazyliki były również transmitowane w tym dniu „Rozmowy niedokończone”.
Polska Misja Katolicka w Berlinie to największa parafia w archidiecezji berlińskiej. W każdą niedzielę w Mszach św. bierze udział ok. 5 tys. wiernych, udziela się tysięcy Komunii św., wysłuchuje setek spowiedzi, przyjmuje dziesiątki interesantów. Do tego dochodzą różne nabożeństwa, lekcje religii, katecheza sakramentalna, nauka języka polskiego, spotkania grup parafialnych, działalność charytatywna. PMK jest również miejscem spotkań religijnych, kulturalnych, koncertów, odczytów, występów artystycznych. Coroczne odpusty parafialne przeradzają się po uroczystej Mszy św. w jeden wielki radosny festyn.
Od 1982 r. w PMK w Berlinie posługują księża salezjanie Prowincji Warszawskiej. Misji przewodzi obecnie ks. prob. Tadeusz Niewęgłowski SDB.
Do odwiedzenia bazyliki św. Jana Chrzciciela oraz do udziału w polskich nabożeństwach w innych kościołach Berlina zapraszają wszystkich przybywających do Berlina rodaków księża salezjanie oraz wierni Polskiej Misji Katolickiej.
W niedziele i święta w bazylice św. Jana Chrzciciela w dzielnicy Neukölln przy Lilienthalstr. 5 odprawiane są trzy Msze św. - o godz. 10.15, 12.00, 18.00; w dzielnicy Wedding, St. Joseph, Müllerstrasse 161 - o 17.00; w Spandau, St. Marien, Flankenschanze 43 - o 12.00; i w Karlshorst, St. Marien, Gundelfingerstrasse 36 - o 11.00. W ciągu tygodnia można uczestniczyć w codziennej Mszy św. o godz. 18.00 oraz w okolicznościowych nabożeństwach.
Bazylika św. Jana Chrzciciela znajduje się w miejscu, gdzie w niedalekiej przyszłości większość mieszkańców będzie wyznawcami islamu. Tutaj już dawno nie buduje się chrześcijańskich świątyń, rosną za to w górę meczety. Być może tłumnie oblegany w niedzielę przez polskich wiernych kościół i bijący głośno dzwon będzie jedynym świadectwem, że ziemia ta jest chrześcijańska. Być może życie i przykład ludzi pochodzących z Polski oraz ich modlitwa odmienią oblicze tej ziemi i pomogą zachować ją dla Chrystusa...